Odlišení jednotlivých podchodů je docíleno barevným nasvícením skla v odstínech státní vlajky:

Modrá – chladná: severní podchod
Bílá – neutrální: střední podchod
Červená – teplá: jižní podchod

Červená barva navazuje na barevnost v hlavní hale.
Modrá na tradiční odstín železnice.
Bílá barva je slavnostní a univerzální.
Barevné odlišení jednotlivých podchodů pomůže v orientaci především opakovaným návštěvníkům nádraží. Při vstupu do podchodu z prostoru nástupiště lépe odhadnou, kde se v  budově nacházejí. Barevnost podchodů lze promítnout dalším způsobem do orientačního systému nádraží.

Hlavní obklad stěn je tvořen skleněnými panely 1200/2300 mm.

Panely jsou na rubové straně zdobeny vzorem navazujícím na tradici českého křišťálu. Abstraktní vzor křížících se čar obsahuje dynamiku železnice a její směřování z hlavního města do všech částí republiky a Evropy. Zároveň je typickou formou práce se sklem při broušení – viz. trofej tour de France.

Vzor typu V brus je vytvořen na rubové straně skla. Čelní strana je zcela hladká, omyvatelná, odolná vůči všem čistícím chemickým prostředkům.Panely lze očistit strojně. Panely lze očistit od grafity nástřiků a byly konzultovány a vzorkovány s dodavatelem českého křišťálu – LASVIT.

Práce se sklem navazuje také na tradici českého skla v architektuře v 60.–80. letech 20. století, a na práci autorů nové hlavní budovy.