Odlišení jednotlivých podchodů je docíleno barevným nasvícením skla v odstínech státní vlajky:

Modrá – chladná: severní podchod
Bílá – neutrální: střední podchod
Červená – teplá: jižní podchod

Červená barva navazuje na barevnost v hlavní hale.
Modrá na tradiční odstín železnice.
Bílá barva je slavnostní a univerzální.
Barevné odlišení jednotlivých podchodů pomůže v orientaci především opakovaným návštěvníkům nádraží. Při vstupu do podchodu z prostoru nástupiště lépe odhadnou, kde se v  budově nacházejí. Barevnost podchodů lze promítnout dalším způsobem do orientačního systému nádraží.

Hlavní obklad stěn je tvořen skleněnými panely
1200/2300 mm.

Panely jsou na rubové straně zdobeny vzorem navazujícím na tradici českého křišťálu. Abstraktní vzor křížících se čar obsahuje dynamiku železnice a její směřování z hlavního města do všech částí republiky a Evropy. Zároveň je typickou formou práce se sklem při broušení – viz trofej tour de France. Vzor typu V brus je vytvořen na rubové straně skla. Čelní strana je zcela hladká, omyvatelná, odolná vůči všem čistícím chemickým prostředkům.Panely lze očistit strojně. Panely lze očistit od grafity nástřiků. Panely byly konzultovány a vzorkovány s dodavatelem českého křišťálu – LASVIT. Práce se sklem navazuje také na tradici českého skla v architektuře v 60-80 tých letech 20. století, a na práci autorů nové hlavní budovy.